אור לבוקר חמישה בספטמבר 1972, התעוררו חלק מחברי משלחת ישראל ברחוב קונולי 31 בכפר האולימפי, לקריאותיו של יוסף גוטפרוינד, שניסה לחסום בגופו את דלת הכניסה מפני טרוריסטים פלסטינים וקרא לחבריו לברוח מן הדירה.
הישראלים שבדירות הסמוכות, שלא נענו לקריאותיו של גוטפרוינד, התעוררו למשמע צרור יריות, והספיקו לראות את מאמן ההיאבקות משה ויינברג כשהוא פצוע בפניו.
הספורטאים ומאמניהם שנתפסו, נכלאו ונכבלו באחד מחדרי המשלחת, תחת איום של שמונה טרוריסטים מזוינים בתת-מקלעים, באקדחים וברימונים, לאחר מאבק שבו נרצחו משה ויינברג ויוסף רומנו.
הטרוריסטים תבעו את שחרורם של 234 מחבלים ערביים ושני גרמנים והטסתם מישראל לארץ ערבית תמורת שחרור הישראלים, ואיימו כי אם תביעתם לא תתמלא עד לשעה 12:00 בצהריים, יוציאו להורג שניים מהישראלים החטופים, ובכל שעה נוספת יהרגו שניים נוספים. עם תום מועד האולטימטום, נפתח משא ומתן עם המחבלים. לאחר ציפייה מורטת עצבים, שנמשכה כל אותו יום, הסכימו המחבלים שיטיסו אותם למדינה ערבית יחד עם הספורטאים הישראלים שישמשו כבני ערובה. בשעה 22:30 הוסעו תשעה מהספורטאים וחוטפיהם מחדרם לפינה בכפר האולימפי שם המתינו להם שני מסוקים. הספורטאים הישראליים הובלו תחת איומי המחבלים, כבולים בידיהם וקשורים זה לזה, והוכנסו למסוקים.
כשנחתו שני המסוקים בשדה תעופה צבאי גרמני, ביצעה המשטרה הגרמנית ניסיון כושל לחלץ את הספורטאים הישראלים, ואפשרה בכך לטרוריסטים לרצוח את תשעת הספורטאים הישראלים כשהם כבולים וחסרי מגן בתוך המסוקים. אגב, שלושת המחבלים שנתפסו שוחררו ב-30 באוקטובר 1972, פחות מחודשיים לאחר האירוע, כאשר ממשלת גרמניה המערבית נכנעה לארגון "ספטמבר השחור", שחטף מטוס נוסעים של חברת "לופטהאנזה".
הוועד האולימפי בישראל שם לו כמטרה להמשיך את מורשתם של י"א הספורטאים. בכל שנה בתאריך העברי (כ"ו באלול) מקיים הוועד האולימפי את האזכרה הממלכתית לזכרם באנדרטת הי"א ברחוב ויצמן שבתל-אביב. משלחות ישראל למשחקים האולימפיים מגיעות לאנדרטה ערב נסיעתן ומניחות זר. במהלך המשחקים האולימפיים מקיים הוועד האולימפי טקס אזכרה לי"א החללים אליו מוזמנים ראשי הוועד האולימפי הבינלאומי, אנשי הקהילה היהודית במקום, מכובדים וחברי הסגל האולימפי. משפחות הי"א הן חלק בלתי נפרד מאירועי הוועד האולימפי בישראל.

בשנת 2012 נתן הוועד האולימפי הגרמני תרומה בסך 59,730 ש"ח (15,000 $) עבור כנס 40 שנה לטרור